•        本系淵源
本系成立於民國五十三年(1964年)，以「核子工程學系」為名，肩負清華大學在台復校首要科系之一的重任，在現今清華近30個系之中，學生學號中的系所編號01更是讓學生備感榮譽，歷經五十多年優秀教師與行政團隊共同努力下，已培育超過五千七百位優秀的學生。歷年畢業生優秀表現與團結，讓系上文化得以順利傳承並帶來蛻變。

•        蛻變
核子工程是一門結合了機械、電子、材料、物理等領域的獨特學問，隨著科學與工程技術進展，系統複雜度的快速提升，更需要整合更多領域的學問並拓展到更多的場域，因此於民國八十六年(1997年)更名為「工程與系統科學系」，期望將這樣多元整合的能力持續傳遞發展下去。

•        願景與使命
我們站在培養下一個10年人才的起點，不僅是傳授專業知識與技術，透過師生與學生間的交流，誘發好奇心並將其延伸到不同領域中彙整應用，最後將本系團結與分享的文化帶給每個學生，期盼10年後成為社會上的中流砥柱，並在多元領域中影響世界的變革。

•        準備妥當，走向未來
工程與系統科學系投入多元且跨領域的前瞻研究，傑出的研究表現不僅發表於最頂尖的國際期刊與國際會議，所發展的一流技術更能與綠能、AI人工智慧、熱流、核能/醫學物理及生物醫學/腦科學產業有密切的連結。以綠能與AI人工智慧產業連結為例，本系提供綠能產業所需的供應端、智慧能源管理與需求端及AI人工智慧產業所需的下、中、上游之關鍵技術，不僅促進產業升級，提升競爭力，學生更可以透過和產業的直接連結，清楚地了解所學習的知識及研發的技術，如何真正應用在日常生活中，達到學以致用的目的。