工程與系統科學系以「低碳綠能系統」與「智慧奈米系統」為兩大研究主軸，結合機械、電子丶材料丶物理等各項領域綜合性學問，進行多元且前瞻的跨領域研究，從最基礎科學之奈米尺度材料性質分析與物理、新型奈米電子元件之開發與製作、能源電池及射束科學，至工程科學之積體電路設計、電子系統、信號處理、系統封裝、電子散熱系統、奈米檢測、醫學診療及核電工程，乃至終端智慧應用領域之電廠異常事件偵測辨識系統及智慧生物辨識系統，為全國唯一能夠完整涵蓋實現一個跨領域智慧系統所需要研究領域之系所。